Между тем умер Царь Феодор, не назначив себе наследника. Тогда патриарх Иоаким во дворце предложил вопрос боярам и царедворцам: «кому из двух царевичей вручить скипетр и державу»? Те пожелали, чтоб избрание произошло общим согласием всех чинов московского государства. Патриарх вышел на крыльцо и предложил тот же вопрос народу, собравшемуся у дворца, чтоб проститься с покойным Царем и приветствовать нового Государя; толпы в один голос завопили: « быть Царем Государем царевичу Петру Алексеевичу ! »
Тогда и бояре с царедворцами единогласно изъявили на то свое согласие. Патриарх возвратился во дворец и благословил на царство десятилетнего Петра, которому в тот же день присягнула вся Москва, а за Москвой потом и вся Россия. Петр избран был на престол помимо старшего брата Иоанна, как слабого и больного, хотя и достигшего совершеннолетия; тогда как он в десять лет казался пятнадцатилетним, с румянцем на щеках, с огнем в больших черных глазах, с быстрым и пронзительным взглядом, который не каждый мог выдерживать, с живыми и смелыми движениями. Такое избрание привело в восторг царицу Наталию Кирилловну и Нарышкиных, но не по душе было царевне Софии Алексеевне и Милославским хотя сам царевич Иоанн нисколько тем не оскорблялся. Первым делом нового Царя и правительницы матери его было вызвать Матвеева , который тотчас и явился в Москву .
Властолюбивая царевна София Алексеевна, желая сама быть, вместо мачехи, правительницей Государства, через две недели по воцарении Петра, произвела Страшные события, при помощи стрельцов, которые составляли тогда у нас постоянное войско, содержимое за счет казны. Боярин Иван Михайлович Милославский с сообщниками распустил в полках самые нелепые слухи, что Царь Феодор умер от яда; что при избрании ему преемника обошли старшего царевича в угождение Нарышкиным; что они умышляют на жизнь самого Царя, чтоб самим овладеть престолом; что Иван Нарышкин, облекшись в царскую одежду, садился на трон, и пр. и пр. Стрельцы поверили таким слухам , и дали полную волю своему буйству в преследовании Нарышкиных, не слушаясь никого, кроме царевны Софии и ее приверженцев: сколько тогда произошло убийств! не стало в живых и Матвеева, и многих Нарышкиных, и начальника стрелецкого приказа князя Долгорукого ! стрельцы, точно звери, нападали на обреченные жертвы, означенные в списках ,которые заранее разосланы была по полкам. Бунт продолжался три дня.
Кремль и вся Москва были в неописанном ужасе: как только послышится гул набата или грохот барабанов, этих вестников убийств, холодная дрожь пробегала у всех, и каждый трепетал за свою собственную жизнь. Каково было Петру смотреть на эти страшные кровавые сцены, видеть мучительную смерть своих родных, видеть отчаяние своей матери! но о нем говорят , что он в это время не обнаруживал ни малейшей перемены в лице и своим бесстрашием изумил стрельцов , т.е., показал себя, как молоденький богатырь. Царевна София достигла своей цели: царевич Иоанн Алексеевич был также объявлен Царем и притом первым , а Петр вторым; сама же она, ради юных лет обоих Царей , объявлена правительницей государства. Все это сделано было через стрельцов, которых она и осыпала своими милостями и деньгами, назначив им в начальники одного из сообщников своих, любимого ими князя Ивана Андреевича Хованского.