Боярин Троекуров послан был Софией склонить Петра к возвращению в Москву; а Царь велел послать грамоты во все полки, остававшиеся в столице требуя, чтобы все полковники и урядники, взяв с собой по 10 человек рядовых каждого полка, явилась в Троицкий монастырь; София, – перехватив многие грамоты объявила, полковникам, чтоб они в распрю ее с братом не мешались и к Троице не ходили, если не хотят потерять голов; а Шакловитый распустил слух, что грамоты были присланы без ведома Государя.
В лавру были посланы князь Прозоровский и духовник Петра, а потом и, патриарх, чтоб смягчить Царя словами Евангелия и убедить его возвратиться в Москву для примирения; но когда и такое посольство осталось без, успеха, велено было напугать стрелецких жен Сухарева полка, чтоб они уговаривали своих мужей возвратиться в Москву. Но этот полк остался верен Царю; примеру его последовали стрельцы других полков и тайно уходили к Троице; а когда от Царя присланы были вторичные грамоты в Москву, полковники и урядники со многими рядовыми немедленно отправились в лавру, где прочитана была им выписка из расспросных речей и стрелецких изветов о злодейском умысле Шакловитого.
Сухарев полк изъявил желание идти против злоумышленников с оружием в руках; но опасаясь кровопролития, Петр признал лучшим отправить в Москву из вновь прибывших стрельцов по 10 человек от каждого полка, чтоб схватить Шакловитого. Встревоженная София решилась сама ехать в лавру; но в селе Воздвиженском ей объявлена была воля Государя, чтоб она в монастырь не ходила, иначе «с нею поступлено будет нечестно»; и она принуждена была возвратиться в Москву. Сообщники Софии пришли в ужас и спешили скрыться, кто куда, а любимец ее и первый министр Василий Васильевич Голицын уехал в свою деревню. София не знала, что делать: выходила на площадь, говорила речи стрельцам и народу, и после всего увидела необходимость уступить требованию стрельцов и выдать Шакловитого, которого тотчас отвезли в лавру, где он после допроса и пытки казнен был смертью.
Сообщники его также получили заслуженное наказание: кто был сослан, кто положил голову на плахе; а царевна должна была удалиться в Новодевичий монастырь. Заменив старых министров новыми, Петр через два месяца возвратился в Москву, где в Успенском соборе встречен был Царем Иоанном, которому он писал из лавры: «Я тебя, Государя-брата, яко отца, почитать готов», но который не вмешивался в правление.