К 1866 г. внутреннее положение Цинской империи несколько улучшилось. Тайнинское восстание было подавлено. После падения в 1864 г. тайпинской столицы Тяньцзнна (Нанкина) борьбу продолжали разрозненные отряды повстанцев в Цзянси, Аньхое, Чжэцзяне, Фуцзяни и Гуандуне. К середине 1866 г. тайпино-нянь-цзюньские силы разделились на две колонны: восточную во главе с Лай Вэнь-гуаном и западную во главе с Чжан Цзун-юем. Восточная колонна двигалась на Шаньдун, а западная — в Шэньси и Ганьсу. Таким образом, возникла возможность ее объединения с восставшими дунганами в этих провинциях, а затем — с джун-гарскими повстанцами.
Подобная перспектива вновь сделала вопрос об изоляции различных антицинских сил весьма злободневным. В создавшихся условиях победила точка зрения о необходимости насильственного подавления освободительного движения народов Джунгарии и Восточного Туркестана. Карательный поход решено было начать со стороны Западной Монголии, с тем чтобы ликвидировать возможность объединения джунгарских и шэньси-ганьсуских дунган. В июне 1866 г. выполнение этого плана было поручено сианьскому цзянцзюню Ку-кэцзитаю, который в данной связи был назначен дубань Синьцзян цзюньу (главнокомандующим в Синьцзяне) . В его ведение из казны было выделено 560 тыс. лянов серебра, в качестве подкреплений он должен был получить 2500 солдат из Чжили и Хэйлунцзяна (из них 500 человек хэйлунцзянской конницы) и 2 тыс. из Линся (из состава армии My Ту-шаня). Помощником (цаньцзань дачэнем) Кукэцзитая был назначен Дэ Синь-а, находившийся в то время в Шэньси.
Однако в 1867 г. западная колонна няыьцзюньской армии, успешно ведя маневренную войну на территории Хэнани, Шэньси, Шаньси, Чжили и Шаньдуна, создала непосредственную угрозу Пекину. В данной связи все войска, предназначенные для подавления восстании в Джунгарии и Восточном Туркестане, были остановлены на полпути и привлечены к операциям против няньцзюней. Поход в Синьцзян был временно отложен.
