Широкое распространение получила практика изгнания «неблагонадежных» за пределы края. «Датун Лю (Лю Цзинь-тан. — А. X.)… — свидетельствовал, в частности, русский генерал Калпаковский, — действительно изгоняет „андижанцев” самым безжалостным образом. Он хватает мусульман из домов и высылает за стены города, кто в чем был, а семейство изгоняемых, т. е. жен и детей, оставляет в Кашгаре, как бы в залог».
Многие участники антицинских восстаний, не желая покидать родную землю и не имея возможности вернуться к мирной жизни, вынуждены были скрываться в горных районах, где, организовавшись в отряды, продолжали борьбу против завоевателей. К осени 1878 г. к ним присоединилась значительная часть бежавших в 1877 г. в Среднюю Азию. В течение двух лет повстанцы вели партизанскую войну в западной части Восточного Туркестана. В ноябре 1879 г. в горном районе Упал (на запад от Кашгара) войска Лю Цзинь-тана нанесли им тяжелое поражение (в бою погибло около 2 тыс. восточнотуркестанцев). После этого, в конце 1879 —начале 1880 г., понеся большие потери, повстанцы вновь были вынуждены уйти на территорию России .
После реставрации в Восточном Туркестане цинского господства коренные жители вновь попали в тиски жестокой феодальной эксплуатации. Были восстановлены неукоснительно взимавшиеся многочисленные налоги и поборы. Так, в 1879 г. в счет различных налогов с земли власти Джунгарии и Восточного Туркестана получили 261 900 даней, а в 1880 г. — 347 200 даней зерна .
По свидетельству М. Сайрами, «после захвата Восточного Туркестана цинские власти забирали зерно, хранившееся в ханских складах, закупали у населения зерно за наличный расчет… проводили обмер земли и установили размер налогов… В течение десяти, может быть и двенадцати, лет налоги взимались чиновниками по установленным размерам. Но позже размер налогов увеличивался властями с каждым годом. Спустя 27 лет, г. е. к 1904 г., дело дошло до того, что крестьяне оказались не в состоянии выплатить налоги и обработать собственные земли. Они бежали, покидая свои земли, которые никто не брал даже даром… Первоначальное уступчивое обращение цинских чиновников прекратилось. С каждым днем они стали обращаться с коренными жителями все более жестоко» .
