Но для него еще не кончились – и семейные невзгоды: царевна София сильно задумывалась над тем, что будет с нею, когда Петр достигнет совершеннолетия? Полагая, что воинские потехи его в подмосковном селе Преображенском отвлекут его внимание от короны, она не мешала им, и потешное войско, чрез принятие в свои ряды охотников, постоянно увеличивалось и устраивалось лучшим образом, имея образец в самом Царе, который в собственном примере показывал, каков должен быть солдат. Чтоб упрочит за собой власть, София задумала венчаться на царство и стала называть себя самодержицею в полной надежде на стрельцов, что они поддержат ее в борьбе с младшим братом. Петр, которому к это время не было и 14 лет, сильно разгневался за такое поведение сестры, но затаил свой гнев в глубине души.
София торжественно стала являться пред народом, как никогда не являлись самые царицы: так, на канун дня св. чудотворца Алексия, когда при звоне во все колокола и при большом стечении народа Цари отправились в Чудов монастырь, и она шла вместе с ними и рядом с ними стоял в церкви; когда они, взяв на рамена мощи св. угодника, понесли их с патриархом в церковь архистратига Михаила, и она шествовала за мощами, одна из всего царского семейства. Пошевеливались от досады, силушки в молодом богатыре; но он терпел еще и сдерживался. Не то было через два года потом: в день казанские иконы Божией Матери, пред крестным ходом из Успенского собора в Казанский, Петр напрямки сказал своей сестре, чтоб она в ход не ходила; и когда царевна не послушалась, а взяла Образ и понесла его, богатырь вспыхнул, не пошел за крестами и уехал из Москвы. София увидела непреклонность воли брата-Царя и решилась на злой умысел против него и его приверженцев, который должен был совершить Шакловитый с стрельцами. Но между самыми стрельцами, которых явно подстрекали к бунту и кровопролитию по первому набату, нашлись люди богобоязливые, знавшие только царскую волю и говорившие: «Буде до кого какое дело есть, пусть думный дьяк скажет царский указ: мы того возьмем; а без указу делать не станем, хоть многажды бей в набат. »
Когда в Кремле один раз ночью последовал необычайный сбор стрельцов с заряженными ружьями, одни говорили, что царевна нарядила их для выхода своего в Донской монастырь, куда она часто хаживала пешком и ночью; другие, что они собраны для отражения потешных, которые придут из Преображенского; а знакомые с замыслами Шакловитого думали, что они собраны для нападения на Преображенское . Тогда пятисотный Елизарьев с товарищами велел отпереть церковь преподобного Феодосия, что на Лубянке, позвал священника пред св. Евангелием, целуя животворящий крест, дал клятву спасти Царя и тотчас послал в Преображенское известить Петра о грозившей ему опасности. Царь в это время спал: его разбудили. Перепуганный, прямо с постели, босой, в одной сорочке, бросился он в конюшню, вскочил на коня и уехал в лес, куда принесли ему платье; одевшись, быстро помчался он по дороге в Троицкую лавру, в пять часов проскакав 60 верст.
В туже ночь прибыла в лавру царица Наталия Кирилловна, а потом бояре и царедворцы, потешные и стрельцы Сухарева полка; из Преображенского привезены были скрытно лесами пушки, мортиры и боевые снаряды. В сознании правоты своего дела и с упованием на Бога Петр стал действовать тогда смело и решительно, руководимый советами князя Бориса Алексеевича Голицына: на другой день он послал к брату и сестре спросить о причине необычайного сбора стрельцов в Кремль в ночное время. Получив в ответе, что они собраны были для охранения царевны, которая намеревалась идти ночью в Донской монастырь для молитвы, он потребовал к себе в лавру полковника Стремянного полка Цыклера с 50 стрельцами, который и был отпущен. В след за ним урядники означенного полка, в числе которых был и Елизарьев, сами добровольно явились в лавру и, раскаиваясь в прежнем содействии своем Шакловитому, раскрыли целый ряд преступных замыслов его, созревавших в течении трех лет.