19 декабря после слабого сопротивления местных жителей войска Лю Цзинь-тана заняли Яркенд, 22 декабря — Янгигисар, 31 декабря — Хотан. При взятии этих городов в руки карателей попали в качестве трофеев около 110 пушек, более 10 тыс. коней и большое количество винтовок .
Схваченные в Яркенде жена, два малолетних сына и три внука Якуб-бека были казнены Лю Цзинь-таном.
В Яркенде и Хотане было арестовано около 7450 человек. 1166 из них — участники антиманьчжурских восстаний в Восточном Туркестане — были публично казнены по приказу Лю Цзинь-тана, остальные — иностранные торговцы, представители духовенства и т. п. — были высланы за пределы страны .
Особое внимание цинскими властями уделялось поискам родственников Якуб-бека и других руководителей повстанцев. Пойманные ими четыре сына (4, 7, 14 и 19 лет), три внука (2—3 лет) и три жены-дунганки Якуб-бека были заключены в тюрьму. Схваченные одновременно с ними предводитель кашгарских дунган Цзинь Сян-инь и его сын были четвертованы .
В Кашгаре завоеватели вначале не торопились с массовыми репрессиями. Они приступили к ним, лишь изъяв у жителей всех лошадей (практически лишив их тем самым возможности бежать за границу). После этого система жесточайшего террора охватила весь Восточный Туркестан. Повсеместно разыскивали, хватали и самым суровым образом карали всех причастных к восстанию. Подверглись надруганию могилы и трупы Давут-халифы и Якуб-бека. Над последним было инсценировано нечто вроде устрашающе-показательного «суда». «Дундарэнь (один из военачальников, подчиненпых Лю Цзинь-тану. — А. X.)… — описывает этот эпизод М. Сайрами, — угрозами заставил жителей Кашгара показать ханскую могилу… Этот чиновник с помощью своих солдат вскрыл могилу Аталыка и, заложив дрова, сжег ее» . Аналогичное свидетельство встречаем мы и у Н. И. Веселовского: «Китайцы, после взятия г. Кашгара, учинили суд и надругались над трупом Якуб-бека. Главнокомандующий с войсками во главе отправился к могиле и под прикрытием стрельбы снял надгробный памятник, который китайские войска разрушили до основания. Затем вынули труп, который оказался весьма хорошо сохранившимся, посадили его, и судебный чиновник произвел допрос, причем упрекал Якуб-бека в вероломстве, неповиновении Сыну Неба, крамоле и т. п. После того палач отрубил от трупа голову, труп сожгли, а голову повесили на продолжительное время у главных ворот кашгарской крепости Енгишара»